中年
1914 年，薛定谔取得了特许任教资格（venia legendi）。薛定谔在1914年至1918年参加了第一次世界大战。此后在耶拿大学、斯图加特大学、布雷斯劳大学和苏黎世大学教书。特别是在苏黎世大学他所担任的理论物理学的教授以前曾由爱因斯坦和马克斯·冯·劳厄担任过。在这里他提出了著名的薛定谔方程，创立了波动力学学说用以来描述量子力学。
1920年4月6日他同安娜玛丽·贝特尔（Annemarie Bertel）结婚。在同一年，薛丁格在耶拿成為馬克斯·维恩（英语：Max Wien）的助理，並在1920年9月成为了副教授（ausserordentlicher Professor，ao. Prof.）。1921年，在布雷斯勞（今弗羅次瓦夫）他成為正教授（ordenticher Professor，o. Prof.）。
1921年，他搬到了蘇黎世大學。1926年1月，薛丁格在物理年鉴發表文章「以特徵值問題處理量子化理論」（Quantisierung als Eigenwertproblem）來處理波動力學，並引入了現在稱之為薛丁格方程式。在本文中，他「推導」了不含時的波動方程，並證明它正確地給出了類氫原子的能量特徵值。本文被視二十世紀最重要的成就之一，創造出量子力學的革命，並延伸到物理及化學的各個領域。第二篇文章在四個星期後發表，給出了量子諧振子、剛體及雙原子分子的解，並給出了薛丁格方程式一個新的推導方式。在五月發表的第三篇文章中，薛丁格證明了他的做法等價於海森堡，並處理了斯塔克效應。第四篇文章說明了如何處理隨時間變化的系統，例如散射問題。在此論文中，為了避免四次及六次的微方項，薛丁格引入了波動方程的複數解（量子力學可說是從此由實轉複）。在引入了複數後，神奇的事發生了，波動方程的一切就在他腳邊。（他最終將微方項的次數降為一） [10]這些文章在物理界被公認為意义重大，對他的職業生涯和成就具有重大的意義。薛丁格本人並不太喜歡量子理論的意涵，對於量子力學的機率詮釋，他說：「我不喜歡它，對引入它我感到抱歉。」[11]
1927年薛定谔迁往柏林，接替马克斯·普朗克在洪堡大学担任理论物理学教授，并成为了普鲁士科学院院士。在那里他感受到了自由进行科学研究的浓厚气氛。当时在柏林汇聚了世界顶尖的物理学家，比如他的同事维克托·维斯科普夫。在纳粹党1933年夺取政权后，薛定谔决定离开德国移居英国牛津，在牛津大学莫德林学院担任访问学者，同年他获得了诺贝尔物理学奖。